Maven is an awesome tool. Here is a simple pom.xml that will build a executable .jar file. Couple things to notice:

• Source Directory is set to src, this way when jar is generated, Maven won't look for /java folder (which is the default source directory)
• Specify the entry point to application in the manifest tag of assembly plugin
• This will produce two jars: one with just your source code, second one with all dependencies bundled inside

<project xmlns="http://maven.apache.org/POM/4.0.0" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"
         xsi:schemaLocation="http://maven.apache.org/POM/4.0.0 http://maven.apache.org/maven-v4_0_0.xsd">
    <modelVersion>4.0.0</modelVersion>
    <groupId>your.project.id</groupId>
    <artifactId>ProjectName</artifactId>
    <version>1.0.0</version>
    <dependencies>
        <dependency>
            <groupId>com.sun.xml.ws</groupId>
            <artifactId>jaxws-rt</artifactId>
            <version>2.2</version>
        </dependency>
        <dependency>
            <groupId>com.sun.xml.rpc</groupId>
            <artifactId>jaxrpc-impl</artifactId>
            <version>1.1.3_01</version>
        </dependency>
        <dependency>
            <groupId>javax.xml</groupId>
            <artifactId>jaxrpc-api</artifactId>
            <version>1.1</version>
        </dependency>
        <dependency>
            <groupId>javax.mail</groupId>
            <artifactId>mail</artifactId>
            <version>1.4</version>
        </dependency>
        <dependency>
            <groupId>commons-httpclient</groupId>
            <artifactId>commons-httpclient</artifactId>
            <version>3.1</version>
        </dependency>
    </dependencies>
    <build>
        <sourceDirectory>
            src
        </sourceDirectory>
        <plugins>
            <plugin>
                <artifactId>maven-assembly-plugin</artifactId>
                <configuration>
                    <archive>
                        <manifest>
                            <mainClass>path.to.your.main.class</mainClass>
                        </manifest>
                    </archive>
                    <descriptorRefs>
                        <descriptorRef>jar-with-dependencies</descriptorRef>
                    </descriptorRefs>
                </configuration>
                <executions>
                    <execution>
                        <phase>package</phase>
                        <goals>
                            <goal>single</goal>
                        </goals>
                    </execution>
                </executions>
            </plugin>
            <plugin>
                <artifactId>maven-compiler-plugin</artifactId>
                <configuration>
                    <source>1.5</source>
                    <target>1.5</target>
                </configuration>
            </plugin>
        </plugins>
    </build>
    <repositories>
        <repository>
            <id>maven2-repository.dev.java.net</id>
            <name>Java.net Repository for Maven</name>
            <url>http://download.java.net/maven/2</url>
        </repository>
    </repositories>
</project>

To run the compiled code from the command line use:

$ java -jar ProjectName-1.0.0.jar [parameter1] ... [parameterN]